氣質聯用儀的主要性能指標主要有以下幾個：

質量范圍、分辨率、靈敏度、質量準確度、掃描速度、質量軸穩定性、動態范圍。 

質量范圍：能檢測的zui低和zui高質量，決定了儀器的應用范圍，取決于質量分析器的類型。四極桿質量分析器的質量范圍下限1~10，上限500~1200。 

分辨率：質譜分辨相鄰兩個離子質量的能力，質量分析器的類型決定了質譜儀的分辨能力。四極桿質量分析器的分辨率一般為單位質量分辨力。 

靈敏度：氣質聯用儀一般采用八氟萘作為靈敏度測試的化合物，選擇質量數272的離子，以1pg八氟萘的均方根（RMS）信噪比來表示。靈敏度的高低不僅與氣質聯用儀的性能有關，測試條件也會對結果產生一定影響。 

質量準確度為離子質量測定的準確性，與分辨率一樣取決于質量分析器的類型。四極桿質量分析器屬于低分辨質譜，質量準確度為0.1u。 

掃描速度：每秒鐘掃描的zui大質量數，是數據采集的一個基本參數，對于獲得合理的譜圖和好的峰形有顯著的影響。 

質量軸穩定性：在一定條件下，一定時間內質量標尺發生偏移的程度，一般多以24h內某一質量測定值的變化來表示。 

動態范圍決定了氣質聯用儀的檢測濃度范圍。 

 

液質聯用儀與氣質聯用儀的區別:

 

氣質聯用儀(GC-MS)是zui早商品化的聯用儀器，適宜分析小分子、易揮發、熱穩定、能氣化的化合物；用電子轟擊方式（EI）得到的譜圖，可與標準譜庫對比。 

液質聯用(LC-MS)主要可解決如下幾方面的問題：不揮發性化合物分析測定；極性化合物的分析測定；熱不穩定化合物的分析測定；大分子量化合物（包括蛋白、多肽、多聚物等）的分析測定；沒有商品化的譜庫可對比查詢，只能自己建庫或自己解析譜圖。